EDI膜堆性能、寿命取决于给水质量，而给水质量又与系统设计有密切的关系。EDI高纯水系统工艺有多种组合，典型的流程如下：

　　①自来水→超滤→活性炭吸附→软化→保安过滤→一级RO→脱气→EDI

　　②自来水→超滤→阻垢剂→保安过滤器→还原剂→一级RO→调pH值→二级RO→EDI

　　对于一级RO/EDI制备高纯水的工艺，应选用超滤、活性炭吸附软化作预处理，针对不同地区的自来水和一级RO产水的pH值状况，可选用脱气;对于两级RO/EDI制备高纯水的工艺，可选用添加阻垢剂和还原剂的方法代替软化和活性炭吸附，为了使二级RO的产水pH值满足EDI膜堆的进水要求，可优选在两级RO之间调pH值的方法，而不用脱气。